Domaines de compétences

 

Gestion de données biomédicales (data management)

Les data managers du Centre de Traitement des Données du Cancéropôle Nord-Ouest sont experts dans la gestion des données de recherches biomédicales et peuvent justifier plusieurs années de pratique au développement de CRF (Case Report Form ou cahier d’observation) électroniques, à la fois dans le design et la conception sur différents logiciels métiers, actuellement Ennov ClinicalTM(conforme aux attentes de la FDA et de l’EMA) ou AccessTM.

Les bases de données développées s’appuient sur des classifications et standards internationaux (CIM, ISO, CDISC…). Depuis 2010, afin d’harmoniser la structure des données et de faciliter leur exploitation, les bases de recherche gérées par le CTD-CNO peuvent être construites en respectant les standards CDASH et SDTM définis par le Clinical Data Interchange Standards Consortium (CDISC). Les data managers du CTD-CNO ont été formés à l'implémentation des standards SDTM, CDASH, ADaM et au codage selon la terminologie commune (CT) par les formateurs officiels du bureau CDISC lors du CDISC Europe Interchange 2014.

Les data managers du Centre de Traitement des Données du Cancéropôle Nord-Ouest sont formés au codage d’évènements indésirables à partir du Medical Dictionary for Regulatory Activities (MedDRA) .

L’accompagnement aux acteurs de la recherche se veut le plus complet possible durant les différentes étapes du projet : de la rédaction du plan de data management jusqu’au gel de base et l’export de données en vue de l’analyse statistique, en passant par l’édition de contrôles de cohérence (queries) et des contrôles qualités de la saisie.

 

Saisie de données

L’opératrice de saisie du Centre de Traitement des Données du Cancéropôle Nord-Ouest permet une saisie centralisée des données et une assistance au contrôle qualité des informations saisies sur les cahiers d’observation.

 

Méthodologie et biostatistiques

Les méthodologistes et biostatisticiens du Centre de Traitement des Données du Cancéropôle Nord-Ouest peuvent dispenser une aide à la conception d’études, à la rédaction du plan d’analyse statistique, à l’analyse et la publication des résultats.

Pour l’analyse statistique, les logiciels SASTM, R et StataTM sont largement utilisés au CTD-CNO à la fois pour leurs puissances de calcul, pour l’exhaustivité de leurs procédures et pour leurs possibilités de développement. Pour les analyses sur petits échantillons sur lesquelles les méthodes asymptotiques sont limitées, les logiciels StatXactTM et LogXactTM peuvent également être utilisés.

Pour la méthodologie statistiques, différents outils de calcul du nombre de sujets nécessaire sont disponibles : nQueryAdvisorTM, nTerimTM et nPIITM. Pour les recherches biomédicales conçues sur un design statistique original, différentes méthodes de calcul de nombre de sujets par méthodes de Monte-Carlo sont également développées sous R.

Pour les analyses de données de génomiques, les suites logicielles PLINK, SamTools et R-bioconductor sont utilisées pour permettre de coupler des traitements bioinformatiques des données avec les analyses statistiques.